雜交(jiao)捕(bu)獲的(de)原(yuan)理(li)是(shi)人(ren)工(gong)設計(ji)探(tan)針(zhen)(DNA探(tan)針或者RNA探(tan)針(zhen)),探針可(ke)以和目(mu)標(biao)區段部分(fen)或者全(quan)部(bu)互補。將(jiang)樣(yang)本和探(tan)針(zhen)混合(he),探針會將(jiang)目(mu)標(biao)區段捕(bu)獲,未設計(ji)探(tan)針(zhen)的(de)區段會被(bei)洗(xi)脫丟棄(qi),之(zhi)後通過(guo)變(bian)性(壹(yi)般是(shi)調(tiao)節PH值(zhi)到(dao)堿性)將(jiang)探(tan)針和捕(bu)獲區段分(fen)開,被(bei)捕(bu)獲的(de)片段即可(ke)進(jin)行(xing)二代測序(xu)文(wen)庫(ku)構建。
雜(za)交(jiao)捕(bu)獲流程介紹:
1、文庫(ku)制(zhi)備(bei)
將(jiang)提(ti)取後的(de)基(ji)因(yin)組(zu)DNA利用超(chao)聲或酶切(qie)的(de)方法將(jiang)基(ji)因(yin)組(zu)DNA進(jin)行(xing)片(pian)段化,並(bing)進(jin)行(xing)末(mo)端(duan)修(xiu)復和接頭(tou)連接,接著進(jin)行(xing)PCR及(ji)純化。
2、雜(za)交(jiao)反(fan)應(ying)
將(jiang)帶(dai)有生物素(su)標(biao)記(ji)的(de)RNA/DNA探針(zhen),對(dui)DNA文庫(ku)的(de)目標(biao)區域(yu)片段進(jin)行(xing)結(jie)合(探(tan)針應(ying)過量)。
3、鏈(lian)黴(mei)親和素(su)磁(ci)珠結(jie)合
使(shi)用鏈(lian)黴(mei)親和素(su)磁(ci)珠結(jie)合帶(dai)有生物素(su)標(biao)記(ji)的(de)RNA/DNA探針(zhen)與DNA文(wen)庫(ku)相(xiang)結(jie)合的(de)雙(shuang)鏈(lian)復合(he)物(wu)。
4、清(qing)洗(xi)
利用不(bu)同(tong)鹽(yan)濃度的(de)緩(huan)沖(chong)液(ye)進(jin)行(xing)多(duo)次(ci)清(qing)洗(xi),主(zhu)要目(mu)的(de)為(wei)去(qu)除(chu)未(wei)被(bei)探針(zhen)捕(bu)獲的(de)非(fei)特(te)異(yi)性雜(za)交(jiao),保(bao)留目標(biao)區域(yu)的(de)DNA從而(er)達到(dao)捕(bu)獲效率(lv)的(de)提(ti)升(sheng)。
5、捕(bu)獲後擴(kuo)增(zeng)
對(dui)捕(bu)獲及清(qing)洗(xi)後的(de)DNA產物(wu)進(jin)行(xing)PCR擴(kuo)增(zeng),構建完成(cheng)靶(ba)向(xiang)富(fu)集(ji)的(de)測序(xu)文庫(ku)。
雜(za)交(jiao)捕(bu)獲的(de)優(you)缺點都是(shi)什(shen)麽呢(ne)?
優(you)點(dian):捕(bu)獲區段大(da),可(ke)以達(da)到(dao)幾百(bai)MB,遠(yuan)超(chao)PCR方案(an)和MIP方案(an),同(tong)時(shi)根據(ju)探(tan)針的(de)原(yuan)理(li)其(qi)均(jun)壹(yi)性很好,均(jun)壹(yi)性是(shi)評(ping)價捕(bu)獲技術(shu)很關鍵的(de)參(can)數,均(jun)壹(yi)性好(hao)後續測(ce)序成本就會(hui)下降。
缺點:容易捕(bu)獲非(fei)目(mu)標(biao)片(pian)段,造成成(cheng)本增加(jia)。因(yin)為(wei)雜交(jiao)前(qian)樣(yang)本會被(bei)隨機(ji)打斷(duan)壹(yi)般認為(wei)500bp是(shi)比較(jiao)合適(shi)的(de)長度(du),探針(zhen)捕(bu)獲時可(ke)能(neng)和目(mu)標(biao)片(pian)段部分(fen)雜交(jiao),導(dao)致(zhi)壹(yi)些含(han)有(you)部分(fen)目標(biao)區段的(de)片段被(bei)捕(bu)獲。所以(yi)雜交(jiao)捕(bu)獲的(de)特(te)異(yi)性較(jiao)差(cha),容易捕(bu)獲非(fei)目(mu)標(biao)區段。