Ribo-seq

技術原理(li)

蛋(dan)白質是(shi)生(sheng)命(ming)活(huo)動(dong)的(de)主要(yao)承擔(dan)者，翻(fan)譯(yi)調(tiao)控又是(shi)細胞(bao)內重要(yao)的調(tiao)控方式。翻(fan)譯(yi)是(shi)核(he)糖體(ti)讀取mRNA模(mo)板(ban)來指(zhi)導(dao)蛋白質合成(cheng)的(de)過(guo)程(cheng)，是(shi)基(ji)因表達(da)的關(guan)鍵(jian)步(bu)驟(zhou)。翻(fan)譯(yi)的(de)過(guo)程(cheng)受(shou)到(dao)嚴格(ge)的調(tiao)控，很多(duo)疾病與翻譯異常相(xiang)關(guan)，比如神(shen)經退行性疾病、貧血癥(zheng)和發(fa)育(yu)障(zhang)礙等。雖然核(he)糖體(ti)的結構與功能研究(jiu)的(de)比較透(tou)徹(che)，但是(shi)對於(yu)翻(fan)譯過(guo)程(cheng)的調(tiao)控機理(li)還需要(yao)深入(ru)研(yan)究(jiu)。

核(he)糖體(ti)印跡測(ce)序(Ribosome profiling, Ribo-seq)，能夠(gou)詳細(xi)檢測(ce)體內(nei)的(de)翻(fan)譯狀(zhuang)態(tai)。Ribo-seq的(de)技術核(he)心(xin)是(shi)識別(bie)與核(he)糖體(ti)結合的(de)mRNA以(yi)及正(zheng)在被翻譯的(de)約30個核(he)苷酸。對(dui)核(he)糖體(ti)結合的(de)mRNA片(pian)段(duan)進(jin)行測(ce)序，能夠(gou)精(jing)確記錄(lu)核(he)糖體(ti)在翻譯過(guo)程(cheng)中(zhong)的(de)位(wei)置(zhi)。將(jiang)轉錄(lu)組(zu)與Ribo-seq數(shu)據(ju)聯合分(fen)析(xi)，可(ke)以(yi)計(ji)算(suan)出蛋(dan)白質的(de)合成(cheng)速(su)率。

技術特點(dian)

Ribo-seq能夠(gou)揭示(shi)蛋白合成(cheng)的(de)時(shi)間、地(di)點(dian)、位(wei)置(zhi)、哪些蛋(dan)白質正(zheng)在被合成(cheng)以(yi)及蛋白質合成(cheng)的(de)調(tiao)控機制(zhi)。Ribo-seq搭建(jian)了(le)從(cong)轉錄(lu)組(zu)學到(dao)蛋白質組(zu)學之(zhi)間的(de)橋(qiao)梁(liang)，已經廣泛(fan)應(ying)用在動(dong)物、植(zhi)物和(he)微(wei)生(sheng)物的(de)研(yan)究中(zhong)，用於(yu)揭(jie)示生(sheng)長(chang)發(fa)育(yu)、形(xing)態(tai)建(jian)成、疾病發(fa)生(sheng)、逆(ni)境脅迫(po)響(xiang)應(ying)的調(tiao)控機制(zhi)。

應(ying)用方向(xiang)

Ribo-seq應(ying)用於(yu)研(yan)究轉錄(lu)本(ben)的翻(fan)譯活(huo)性、鑒(jian)定(ding)翻(fan)譯(yi)起始位(wei)點(dian)、ORF位(wei)置(zhi)和蛋白質的(de)翻譯(yi)調(tiao)控機制(zhi)。

Ribo-seq技術已經廣泛(fan)應(ying)用在動(dong)物、植(zhi)物和(he)微(wei)生(sheng)物的(de)研(yan)究中(zhong)，用於(yu)揭(jie)示生(sheng)長(chang)發(fa)育(yu)、形(xing)態(tai)建(jian)成、疾病發(fa)生(sheng)、逆(ni)境脅迫(po)響(xiang)應(ying)的調(tiao)控機制(zhi)。總之(zhi)，Ribo-seq能從(cong)基(ji)因組水(shui)平檢測(ce)蛋白質的(de)翻譯(yi)狀(zhuang)況(kuang)，獲得正(zheng)在翻譯(yi)的(de)mRNA序列信(xin)息並(bing)解(jie)析翻(fan)譯調(tiao)控機制(zhi)。

藍景(jing)科信(xin)優勢(shi)

實驗(yan)周期快、質量(liang)高(gao)、結果穩(wen)定可(ke)靠。

豐富的(de)物種(zhong)經驗(yan)。

實驗(yan)流程(cheng)

分(fen)析(xi)內(nei)容(rong)

標(biao)準生(sheng)信(xin)分(fen)析(xi)

（1）原始數據(ju)過(guo)濾與(yu)測(ce)序質量(liang)評估(gu)

（2）比對(dui)去(qu)除核(he)糖體(ti)RNA、tRNA、sRNA等

（3）Reads長(chang)度(du)分(fen)布(bu)統(tong)計(ji)與(yu)長(chang)度(du)過(guo)濾

（4）比對(dui)參考基(ji)因組

（5）測(ce)序飽和度(du)分(fen)析(xi)

（6）RF在(zai)基(ji)因組上(shang)的分(fen)布(bu)統(tong)計(ji)與(yu)分(fen)類(lei)

（7）三堿基(ji)節(jie)律(lv)分(fen)析(xi)

（8）翻(fan)譯(yi)基(ji)因統(tong)計(ji)與(yu)表達(da)量分(fen)析(xi)

（9）樣(yang)本(ben)關(guan)系分(fen)析(xi)

（10）組(zu)間差(cha)異翻譯(yi)基(ji)因分(fen)析(xi)

（11）差(cha)異翻譯(yi)基(ji)因的GO和(he)KEGG功能富集(ji)分(fen)析(xi)

Ribo-seq與(yu)RNA-seq的(de)聯(lian)合分(fen)析(xi)

（1）翻(fan)譯(yi)效率計(ji)算(suan)

（2）Ribo-seq與RNA-seq的(de)相(xiang)關(guan)性(xing)分(fen)析(xi)

（3）翻(fan)譯(yi)效率與(yu)轉錄(lu)水(shui)平的關(guan)聯(lian)分(fen)析(xi)

分(fen)析(xi)流(liu)程(cheng)

實驗(yan)案例(li)

送樣(yang)要(yao)求

（1）細(xi)胞(bao)樣(yang)本：建(jian)議送(song)樣(yang)量5×106-1×107個。

（2）動(dong)物組(zu)織(zhi)樣(yang)本：建(jian)議送(song)樣(yang)量≥300 mg。

（3）植(zhi)物組(zu)織(zhi)樣(yang)本：建(jian)議送(song)樣(yang)量≥500 mg。

樣(yang)本分(fen)組(zu)

至少2組樣(yang)品，包(bao)括(kuo)對照(zhao)組(zu)和(he)實驗(yan)組，樣(yang)本數(shu)建(jian)議：3 Vs 3。

參考文(wen)獻(xian)

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