rRNA去(qu)除的(de)必要性(xing)

　　在(zai)RNA測(ce)序（RNA-Seq）中(zhong)，通(tong)常需要(yao)先去(qu)除rRNA。這(zhe)是(shi)因(yin)為總RNA中(zhong)80%以上(shang)都是(shi)rRNA，而rRNA提(ti)供的(de)轉錄(lu)本信息(xi)非(fei)常少，且(qie)測(ce)序時(shi)會產生大(da)量(liang)無(wu)用(yong)的(de)rRNA序列數(shu)據，浪費(fei)寶貴的(de)測(ce)序資(zi)源。因(yin)此(ci)去(qu)除rRNA可(ke)以(yi)提(ti)高測(ce)序效率(lv)和(he)數(shu)據質量(liang)。

　　二(er)、rRNA去(qu)除探(tan)針(zhen)的(de)原理

　　1、特(te)異性DNA探(tan)針(zhen)雜交與RNase H消化

　　- 使(shi)用(yong)特(te)異性的(de)DNA探(tan)針與rRNA雜(za)交(jiao)，形(xing)成(cheng)DNA-RNA雜(za)交鏈。RNase H能夠特(te)異性地(di)消化DNA-RNA雜交鏈中(zhong)的RNA單鏈(lian)，而未與探(tan)針(zhen)雜(za)交(jiao)的(de)mRNA、lncRNA等不(bu)受(shou)影(ying)響，從而富集目標(biao)RNA。

　　2、探針(zhen)雜(za)交(jiao)捕獲(huo)與磁(ci)珠(zhu)吸(xi)附

　　- 通(tong)過DNA探(tan)針或RNA探針雜(za)交捕獲(huo)rRNA，然(ran)後利(li)用(yong)鏈(lian)黴親(qin)和(he)素(su)磁(ci)珠(zhu)吸(xi)附去(qu)除rRNA。這(zhe)種(zhong)方法(fa)稱為Ribo-Zero-seq。

　　1、物種特(te)異性

　　- rRNA去(qu)除探(tan)針(zhen)需(xu)要根據研究物種的rRNA序列設計特(te)異性的(de)雜(za)交探針(zhen)。

　　2、不(bu)同(tong)RNA類(lei)型(xing)

　　- 除(chu)了(le)去(qu)除細胞質中(zhong)的rRNA，壹(yi)些(xie)試劑盒(he)還(hai)可以(yi)去(qu)除線(xian)粒(li)體(ti)中(zhong)的rRNA。

　　3、樣(yang)本類(lei)型(xing)

　　- rRNA去(qu)除探(tan)針(zhen)適(shi)用(yong)於(yu)多種(zhong)樣(yang)本類(lei)型(xing)，包(bao)括(kuo)新鮮樣(yang)本、降解(jie)樣(yang)本、FFPE（甲醛固定(ding)石(shi)蠟(la)包埋）樣(yang)本等。

　　四、rRNA去(qu)除探(tan)針(zhen)的(de)優(you)勢(shi)

　　1、高(gao)效去(qu)除

　　- rRNA去(qu)除探(tan)針(zhen)可(ke)以高(gao)效去(qu)除rRNA，提(ti)高目標(biao)RNA的富集效率(lv)。

　　2、特(te)異性高(gao)

　　- 探(tan)針設計(ji)具(ju)有(you)高(gao)度(du)特(te)異性，能(neng)夠準(zhun)確識(shi)別(bie)並去(qu)除rRNA，而不(bu)影(ying)響其他目標(biao)RNA。

　　3、適(shi)用(yong)範圍(wei)廣(guang)

　　- 適(shi)用(yong)於(yu)多種(zhong)物種和樣(yang)本類(lei)型(xing)，能(neng)夠滿(man)足(zu)不(bu)同(tong)研究需(xu)求。

　　通(tong)過使(shi)用(yong)rRNA去(qu)除探(tan)針(zhen)，可(ke)以顯(xian)著(zhu)提(ti)高RNA測(ce)序的(de)效率(lv)和(he)數(shu)據質量(liang)，為轉錄(lu)組(zu)研究提(ti)供更(geng)準(zhun)確的(de)信(xin)息(xi)。