在測(ce)序(xu)文(wen)庫的(de)構建方法,單(dan)端測(ce)序(xu)和雙端測(ce)序(xu)區(qu)別(bie)還(hai)是有的(de)
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Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有單(dan)端測(ce)序(xu)和雙端測(ce)序(xu)兩(liang)種方式。在基(ji)因(yin)組De Novo測序(xu)過(guo)程(cheng)中，Roche454的(de)單(dan)端測(ce)序(xu)讀長可(ke)以(yi)達(da)到400p，經(jing)常用於(yu)基(ji)因組骨架的(de)組裝(zhuang)，而Solexa和ABI SOLID雙端測(ce)序(xu)可(ke)以用於(yu)組裝(zhuang)scaffolds和填補(bu)gap。以solexa為例，單(dan)端測(ce)序(xu)(Single-ead)和雙端測(ce)序(xu)(Paied-end及Mate-pai)還是有區(qu)別(bie)的(de)。
Single-ead、Paied-end和Mate-pai主要區(qu)別(bie)在(zai)測序(xu)文(wen)庫的(de)構建方法上(shang)。
1、Single-ead單(dan)端測(ce)序(xu)首(shou)先(xian)將(jiang)DNA樣本進(jin)行片段(duan)化(hua)處(chu)理(li)形成200-500p的(de)片段(duan)，引物(wu)序(xu)列連(lian)接到DNA片段(duan)的(de)壹端，然(ran)後末端加上(shang)接頭(tou)，將片段(duan)固(gu)定在(zai)flowcell上(shang)生成DNA簇，上(shang)機(ji)測(ce)序(xu)單(dan)端讀取序(xu)列。
2、Paied-end單(dan)端測(ce)序(xu)方法是(shi)指(zhi)在(zai)構建待測DNA文庫(ku)時(shi)在兩端的(de)接頭(tou)上都加上(shang)測(ce)序(xu)引物(wu)結(jie)合(he)位(wei)點(dian)，在第(di)壹輪(lun)測(ce)序(xu)完(wan)成後，去除(chu)第(di)壹輪(lun)測(ce)序(xu)的(de)模(mo)板鏈，用對讀測序(xu)模(mo)塊(Paied-End Module)引導互補(bu)鏈在(zai)原位(wei)置(zhi)再(zai)生(sheng)和擴增(zeng)，以達(da)到第(di)二(er)輪測序(xu)所(suo)用的(de)模(mo)板量，進(jin)行第(di)二(er)輪互補(bu)鏈的(de)合(he)成測序(xu)。
3、Mate-pai雙(shuang)端測(ce)序(xu)文(wen)庫制(zhi)備旨(zhi)在(zai)生成壹些(xie)短(duan)的(de)DNA片段(duan)，這些(xie)片段(duan)包含(han)基因組中較(jiao)大(da)跨(kua)度(du)(2-10k)片段(duan)兩(liang)端的(de)序(xu)列，更(geng)具體(ti)地(di)說(shuo)：首(shou)先(xian)將(jiang)基(ji)因組DNA隨機(ji)打(da)斷(duan)到特(te)定大小（2-10k範圍(wei)可選）；然後經(jing)末端修(xiu)復，生物(wu)素(su)標(biao)記(ji)和環化(hua)等(deng)實(shi)驗步(bu)驟(zhou)後，再(zai)把(ba)環化(hua)後的(de)DNA分子打(da)斷(duan)成400-600p的(de)片段(duan)並(bing)通(tong)過帶(dai)有(you)鏈親(qin)和黴素的(de)磁珠把(ba)那(na)些(xie)帶有(you)生(sheng)物(wu)素(su)標(biao)記(ji)的(de)片段(duan)捕(bu)獲(huo)。這些(xie)捕獲(huo)的(de)片段(duan)再(zai)經(jing)末端修(xiu)飾和加上(shang)特(te)定接頭(tou)後建成mate-pai文庫(ku)，然後上機(ji)測(ce)序(xu)。
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